Những bào từ có thể được phân loại theo vài cách.

Theo cấu trúc tạo bào tử

Nang của nấm Morchella elata, có chứa các bào tử nang (Ascospore).Ở các loài thực vật, các tiểu bào tử và một vài trường hợp là đại bào tử được hình thành từ bốn kết quả của giảm phân.Ngược lại, ở nhiều loài thực vật có hạt và dương xỉ khác dạng bào tử, chỉ có một kết quả của giảm phân là tạo thành đại bào tử, những kết quả còn lại sẽ mất đi.

Ở nấm và những sinh vật giống như nấm, những bào tử thường được phân loại bởi cấu trúc mà ở đó sự giảm phâm và tạo bào tử xảy ra. Vì nấm thường được phân loại theo cấu trúc tạo bào tử của chúng, nên những bào tử này cũng thường mang đặc điểm của sự phân loại nấm đặc trưng.

• Sporangiospore: những bào tử được tạo ra bởi bọc bào tử (sporangium) ở nhiều loại nấm, chẳng hạn như nấm zygomycete.
• Zygospore (bào tử tiếp hợp): những bào tử được tạo ra bởi bọc bào tử tiếp hợp (zygosporangium), mang đặc điểm của nấm zygomycete.
• Ascospore (bào tử nang): những bào tử được tạo ra bởi nang (ascus), mang đặc điểm của nấm ascomycete (lớp nấm nang).
• Basidiospore (bào tử đảm): những bào tử được tạo ra bởi đảm của nấm (basidium), mang đặc điểm của nấm đảm.
• Aeciospore (bào tử gỉ): những bào từ được tạo ra bởi túi bào tử gỉ (aecium) chẳng hạn như nấm gỉ và nấm than.
• Teliospore: những bào từ được tạo ra bởi Telium của nấm chẳng hạn như nấm gỉ và nấm than.
• Oospore (noãn bào tử): những bào từ được tạo ra bởi túi noãn (oogonium), mang đặc điểm của nấm oomycete.
• Carpospore (bào tử quả): những bào từ được tạo ra bởi thể bào tử quả (carposporophyte), mang đặc điểm của tảo đỏ.
• Tetraspore: những bào từ được tạo ra bởi tetrasporophyte, mang đặc điểm của tảo đỏ.

Theo chức năng

• Chlamydospore: bào tử ngủ yên có lớp vỏ dày của các loại nấm, được tạo ra để tồn tại trong những điều kiện không thuận lợi.
• Các loại bào tử nấm ký sinh có thể được phân loại vào dạng bào tử sống bên trong cây, mà chúng sẽ nảy mầm trong thân cây chủ, hoặc là bào tử sống bên ngoài, cũng được gọi là bào tử theo môi trường, được phát tán bởi cây chủ để lây nhiễm các cây chủ khác.[2]

Theo nguồn gốc trong suốt vòng đời

• Bào tử giảm phân (meispore): là những bào tử được tạo ra bởi quá trình giảm phân, do đó chúng là đơn bội và sẽ phát triển thành các tế bào con đơn bội hoặc cá thể đơn bội. Ví dụ như tiền tế bào thể giao tử của những thực vật có hạt được tìm thấy ở hoa (thực vật có hoa) và quả hình nón (thực vật hạt trần), và những bào tử động (zoospore) được tạo ra từ quá trình giảm phân ở các thể bào tử của tảo chẳng hạn như cây diếp dại.
  • Tiểu bào tử (microspore): những bào tử mà phát triển thành thể giao tử đực. (hạt phấn ở thực vật có hạt)
  • Đại bào tử (megaspore hay macrospore): những bào tử mà phát triển thành thể giao tử cái. (ở thực vật có hạt thể giao tử được hình thành trong noãn)
• Bào tử nguyên phân (mitospore, hay là conidia hoặc conidiospore): những bào tử được tạo ra bởi quá trình nguyên phân, chúng mang đặc điểm của nấm ascomycetes. Những loại nấm mà ở đó chỉ tìm thấy được bào tử nguyên phân thì được gọi là "mitosporic fungi" hay "anamorphic fungi", trước đó đã được phân loại vào nhóm Deuteromycota (xem thêm Teleomorph, anamorph and holomorph)

Theo tính chuyển động

Những bào tử có thể được phân biệt bởi tính chuyển động

• Bào tử động (zoospore): những bào tử di chuyển bằng một hoặc nhiều roi, có thể được tìm thấy ở vài loại tảo và nấm.
• Ballistospore: những bào tử chủ động phóng ra từ thân của quả thể nấm, hầu hết các bào tử đảm đều là ballistospore, và một ví dụ đáng chú ý khác là bào tử của nấm Pilobolus.